《Muv-Luv Alternative第二季》剧情简介：为了抵御侵略者BETA的威胁，地球联合防卫军加紧开发新型战斗机∵。主人公在上一季结束后成为最年轻的联合搭路士，率领着新型技术战舰出击。然而，在与BETA进行殊死搏斗的过程中，他们渐渐察觉到BETA背后隐藏着更大更不可思议的秘密，并发现了一个古老且神秘的文明。面对来自外太空的威胁，他们必须倾尽全力，保卫地球家园并解开这个谜团。