柯南与小兰接收到一封神秘信件，预示着一起即将发生的恶性案∴∴。他们展开调查，却陷入了一个巧妙设计的陷阱中。原来，凶手是势力庞大的犯罪组织“黑衣组织”。为了追捕凶手，柯南与警方合作，在“通往天国”的任务中抵挡了一次又一次的考验和杀机。最终他们成功逮捕凶手，探员团队也唤醒了被黑衣组织侵蚀后失忆的成员谜之男子，并将其收归旗下。正义战胜邪恶，守护世界和平。