《魔法禁书目录》是一部以现实世界和魔法世界并存的故∷∷∷。主人公上条当麻拥有幸运的右手，具备消灭任何超能力与魔法的能力。在学园都市中，他遇到了名为御坂美琴的少女，她是由「科学」创造出来的最强电击使者之一。然而，在这个充满着特殊能力者和危险组织的城市里，上条和美琴卷入了各种纠纷与阴谋之中。探寻真相、保护亲人成为两位主角不可推卸的责任。而他们也渐渐发现背后隐藏着更大存在——「神秘共同体」等待着被揭开它蕴藏着什么样秘密？