《尼尔：机械纪元动画版》讲述了人类与机器人之间的战∵。在未来的世界，地球被神秘势力侵略，人类被迫逃离地球。为了回归家园，他们组建了抵抗军队——自由部队，并率领最后的希望进行反击。然而，在拯救之路上，他们发现机器人也有质疑和矛盾自身存在的情感。通过变革、内战以及理解与牺牲，两股势力都渐渐顿悟到它们注定要互相合作才能找到共同生存的方式。这个故事充满着动作、剧情和哲学思考，并探索了智能体与情感之间微妙而紧张的关系。