《间谍教室》是一部以校园为背景的悬疑 ∷。普通的初中生们在班级人数最多的D班上课，但却并不简单。原来，D班都是被社会遗弃和有特殊身份的学生们组成的秘密间谍组织。他们接受高强度训练并利用各种技巧执行任务，以帮助保护世界。这个故事跟随着主角山岸童子和他的同伴们经历了与敌对组织斗智斗勇、揭露阴谋秘密等一系列精彩刺激的冒险。