第三季的《从海底出击》故事承接上季结尾，千禧号潜艇队伍再度面临新的挑∷∷。在深海中发现神秘的亚特兰蒂斯遗迹后，他们发现该文明对人类世界产生了不可忽视的影响。为了保护亚特兰蒂斯不被恶势力侵害，船员们展开一系列刺激而惊险的冒险任务。同时他们也逐渐揭示了亚特兰蒂斯背后隐藏着的伟大秘密，并与其住民建立起友谊和合作关系。通过勇气、智慧和团队精神，千禧号成功解决各种困境并保护了这片宝贵遗迹。